Entre el último cuarto del siglo XVIII y la mayor parte del siglo XIX Filipinas fue escenario de un conflicto eclesiástico intermitente en el que los dos cleros presentes en el territorio- las órdenes religiosas españolas y el clero secular nativo -litigaron por la administración de las numerosas parroquias del archipiélago. La desconfianza de las autoridades españolas hacia la presencia dele clérigos nativos al frente de las parroquias de la mayor parte del país, así como el rol geopolítico que aquellas otorgaron al fraile, como puntal en la dominación del territorio, supusieron el arranque de la de la cuestión clerical. Pasadas las graves dificultades del cambio de siglo, los gobernadores de las islas creyeron encontrar en la presencia de los religiosos españoles al frente de los curatos de las islas una de las herramientas más precisas para la efectiva conservación de una colonia muy distante de la metrópoli y con escasa población peninsular. Con este propósito, el Estado planteó la entrega secuencial de numerosas parroquias atendidas por el clero secular nativo al clero regular español. El modo en que se realizo suscitó un conflicto que termino por implicar seriamente a las autoridades civiles y eclesiásticas, a los superiores religiosos, a un mayormente concienciado clero nativo y a otras tantas personalidades de la sociedad hispano-filipina. La cuestión eclesiástica actuó como catalizador del primer nacionalismo filipino, como se puso de relevancia durante el motín de Cavite de 1872, considerado como el antecedente mas directo de la independencia del país.